1998年7月，饮酒会归来的下雨之夜，黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久，少女不辞而别，去向不明。 与此同时，发生了连续杀人事件。死者无一例外，都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。 一步步深入的调查，犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃，而她的能力更是惊人的强大。两仪式，拥有“直死之眼”的少女，再次提起匕首迎战。 日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第三章电影版。
セラフィム指挥官ライアー等人用空间跳跃的方式将宇宙站ウォッチャーズ ネスト的居住区整个转送到了地球圈，却发现地球被一层时间屏障覆盖。为了查明真相，ライアー决定冲进时间屏障，却进入了另一个时间轴……
