原来任职ＣＩＤ的王志淙（黄日华 饰）为人正直、胆大心细、屡破奇案；但也有其不好的一面，就是容易冲动、独断独行，多次在行动置上级指示和同伴劝告于不顾。一次，与志淙情同手足的好友兼同事周家祥（李成昌 饰）为了要替好赌的女友还清高利债务，与匪帮勾结策划武装抢劫，案发被志淙亲手缉拿归案。 志淙与Ｏ记年轻干探林永泰（陈锦鸿 饰）因行事风格各异而结怨。真是不是冤家不聚头，志淙调入Ｏ记后却无独有偶跟永泰编在了一组。专断独行的志淙与作风保守凡事照章行事的永泰，一开始两人就火光四溅，相互埋怨。但经过一番相处，两人都十分欣赏对方的执着和正义，于是成为了O记里面扑灭罪案的一对最佳拍档。
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李时珍（林文龙 饰）自由沉迷于草药研究之中，他同名为吴慕榕（李诗韵 饰）的女子先前已有婚约，却无法自持的爱上了善良美丽的阿冬（叶璇 饰）。李时珍决定将这份感情埋藏在心底，待科举考试之后向阿冬表白心意，哪知道在阴差阳错之中，他不仅没能够表白，还娶了吴慕榕为妻。 李时珍发现当今世上的医书错误连连漏洞百出，于是起了编撰《本草纲目》的念头。然而，他却因为个性过于耿直而得罪了权贵，使得他不得不暂时中断了医书的编撰，还性命不保踏上了逃亡的旅途。所幸有太医院的庞宪（马国明 饰）一路帮助扶持，李时珍终于完成了旷世奇作《本草纲目》。
