金波（杰弗里·埃文·托马斯 Jeffrey Evan Thomas 配音）是一个拥有神奇能力的少年，年岁渐长的他始终相信，他并不是独自一人，在这个世界上一定存在着许多和他相同的人，他想将这些人聚集在一起，将他们的能力用在对社会有益的方面。没过多久，5个和金波一样的神奇少年浮出了水面，在感到高兴之余，金波也发现，这些少年多多少少都曾因为他们的特异功能而受到排挤和欺辱。 不久，悲剧发生了，某个暴力团伙袭击了这些少年，愤怒和恐惧打碎了少年们的理智，他们决定用他们的能力向带给他们伤害的这个世界进行报复。摆在金波面前的有两条路，一条是和少年们一起进行报复行动，另一条是站在少年们的对立面，保护世界的和平。面对这艰难的选择，金波动摇了。
小野寺律（近藤隆 配音）和高野政宗（小西克幸 配音）的故事仍在继续。绿宝石编辑的工作依然很忙，但律已渐渐适应漫画编辑部的工作，自己也越来越感受到这份工作的乐趣。令他困扰的事仍然是高野先生。十年前的初恋现在仍在对自己说喜欢，且了解到当初的分离只是一场误会。但律心中就是有解不开的疙瘩。譬如高野先生和横泽隆史（堀内贤雄 配音）曾交往过的这段不容忽视的事实，还有来自律家庭方面的因素。但感情不受理性的控制，不知该说什么，心砰砰直跳，要费很大的力气才能压抑出心中的“我喜欢你”这几次蹦出。但比起第一季，二人的关系终于有所进步，但距离他们坠入爱河，似乎还有不少的天数。 另外两对，吉野千秋（立花慎之介 配音）和羽鸟芳雪（中村悠一 配音），木佐翔太（冈本信彦 配音）和雪名皇（前野智昭 配音），他们的恋爱故事也仍在继续。
