ゾイドとは、銀河の彼方に生息する、戦う意思を持った金属生命体である。 惑星が最後を迎え、人類は第二の故郷として地球を目指すが、ゾイド因子の暴走と不慮のタイムワープで、突如、21世紀の地球にゾイドが出現。ゾイドによる破壊と度重なる地殻変動で地球は一度滅びた。 レオは自ら発掘したビーストライガーを相棒に、地球の未来を左右する少女サリーと冒険の旅に出発した。
距今约5000年前，云集着智者和贤达的神秘之岛亚特兰大陆一夜之间沉没。大西洋底的波塞冬族向亚特兰大陆的飞龙族发起进攻，在强大邪恶的攻势之下，飞龙族彻底覆灭。飞龙族首领将其尚在襁褓中的儿子托付给白海豚露卡（北浜晴子 音），露卡把婴儿藏到日本海附近的猪首岬岩洞中。最终，好心的渔夫一平（八奈見乗児 音）发现了婴儿，将其带回家抚养。13年后，阿龙（塩屋翼 音）已经成长一个少年。是时村中遭到海怪袭击，阿龙在露卡的引导下找到海龟梅顿，终于从它的口中得知自己的身世。一曾迷惑的阿龙最终选择披上红色披风，拿起短剑，和露卡向着波塞冬族占领的大西洋进发…… 本片根据手冢治虫同名原著漫画改编。
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