柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

维尼（吉姆·库宁斯 Jim Cummings 配音）、小猪（约翰·菲尔德 John Fiedler 配音）、猫头鹰（Andre Stojka 配音）、小兔（Ken Sansom 配音）和跳跳虎（吉姆·库宁斯 Jim Cummings 配音）等朋友们正聚在一起，布置它们的新家，然而跳跳虎总是淘气的跳来跳去惹出一堆麻烦，于是小兔建议跳跳虎先去找其他的跳跳虎一起玩。然而，跳跳虎从来没有见过其他的跳跳虎，它甚至开始怀疑，这个世界里是否还有自己的同类。

小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船......

维尼（吉姆·库宁斯 Jim Cummings 配音）、小猪（约翰·菲尔德 John Fiedler 配音）、猫头鹰（Andre Stojka 配音）、小兔（Ken Sansom 配音）和跳跳虎（吉姆·库宁斯 Jim Cummings 配音）等朋友们正聚在一起，布置它们的新家，然而跳跳虎总是淘气的跳来跳去惹出一堆麻烦，于是小兔建议跳跳虎先去找其他的跳跳虎一起玩。然而，跳跳虎从来没有见过其他的跳跳虎，它甚至开始怀疑，这个世界里是否还有自己的同类。

小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。　　为了满足小美“想要妈妈”的愿望，未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途，然而，小美的心智早已经被污染殆尽，在她的眼中，小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。

一群性格尖酸的小鸟集聚在电线上，唧唧喳喳吵个不停。

岁月不饶人，长期以来守护高谭市的布鲁斯·韦恩也逃不过时间的无情魔掌，逐渐步入迟暮之年，而他的死对头小丑决定趁此大好时机准备大闹高谭市。但新任蝙蝠侠泰瑞早已作好万全准备，就等著他自投罗网；在了解前任蝙蝠侠布鲁斯和小丑最后一次对决的情况后，泰瑞更决心要为良师讨回公道，将小丑永远赶出高谭市！面对诡计多端的邪恶匪徒，新上任的超级英雄即将大展伸手，带给忠实影迷不一样的蝙蝠侠。

在遥远的东海海域，曾经有一位人称黄金大海贼的海盗名叫邬南。他从来不欺凌百姓，只与其他邪恶的海贼拼杀，并由此聚敛了堆积如山占世界总量三分之一的黄金，他的财富可以将夜晚照得亮如白昼。邬南将这些黄金藏在一个不知名的小岛上，随后不知去向。众海贼们无不垂涎于那座黄金山，而邬南手下当初绘制的藏宝图更成为海贼们竞相追逐的对象。

美人鱼爱丽儿和王子埃里克结婚后过着幸福美满的生活，不久，两人的女儿麦乐迪也出生了。小家伙天性调皮，和妈妈正好相反的是，她一直向往着海底绚丽多彩的世界，爱丽儿也一直没有告诉她自己的身世。　　上一集企图加害爱丽儿的巫婆的妹妹莫嘎纳为了帮姐姐报仇，骗麦乐迪说能帮她变成美人鱼，乐不可支的麦乐迪就这样跟着莫嘎纳前往了海底。丢失了爱女的爱丽儿和埃里克异常焦急，为了寻找爱女下落，爱丽儿决定重回大海。

在一次偶然的情况下，大雄（小原乃梨子 配音）与多啦A梦（大山羡代 配音）穿过秘密通道时空圈，闯进一个森林中古代文明的国度——玛雅王国，他们遇上跟大雄长得一模一样的迪奥（绪方惠美 配音），迪奥是玛雅王国的王子。迪奥王子的母亲中了魔女娜汀拉（唐泽润 配音）的诅咒，长眠不醒。为了救母亲，迪奥王子一定要打败娜汀拉。因此在森林中修炼。迪奥王子从大雄口中得知现代日本的事，便对日本产生兴趣，所以迪奥便希望与大雄转换身份，到日本修炼。大雄便成为了王子；王子就成了大雄，各自展开不一样的生活，最后迪奥在日本认识了技安等人，他们一起去对抗娜汀拉，究竟他们能否打败娜汀拉救迪奥的母亲……
　　本片是为了纪念哆啦A梦诞生30周年而制作的，是哆啦A梦电影系列第21部作品。

寻找秘宝的路飞一行，进入海肚脐的大冒险