程景墨是茶商大家族的继承人，更是个热衷于山水笔墨的逍遥公子，而阮秋水是个精算能力一流、背负父亲债务和家庭重担的坚韧女生。剧中二人的情感及命运正如“水墨”一般，相互交融难舍难分，然随时间的流逝，他们也将面临“水染墨成浊”的迷局困境。
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康熙五十七年，皇族秋猎，于木兰围场遇暴客行刺，戌卫精兵溃伤，哈达亲王殒命，康熙怒遣皇四子雍亲王（郑少秋饰）南下缉凶。雍亲王爱新觉罗胤禛遂化名傅示真，微服简从南下查案，于石门结识江南名儒之女吕丝丝（梁琤饰），二人协力，铲桐山贼，保振远镖，几番出死入生，患难与共，情愫渐长，相知益深。 原木兰山左翼长刘勇，因行刺案遭牵连，身系囹圄，妻小流散。二子改从母姓，曰李卫，李才。卫辗转投至皇十四子大将军王麾下，于西疆屡建战功。才往石门奔东海书院，习文印诗，一心潜学。东海书院山长吕留良，即丝丝父，为士林巨擘，倡兴汉学，拒不仕清，又与反清组织江南八侠素有往来，深为朝廷所忌。 胤禛欲以康熙南巡发赈为饵，巧计拿敌。不意双方对峙少林之际，意外发现江南八侠之一虞慧儿，竟是十多年前落水失踪的十七格格，康熙望女得归，大喜，封为佛抱。 为保佛抱格格顺利入宫，胤禛托请丝丝傍随照料。丝丝遂辞别父亲，北上皇苑，与佛抱格格位，胤禛得总理大臣隆科多襄助，顺利登极，改元雍正。 为使胤禛断思，吕家将丝丝许给李才为妻。文定之礼方毕，吕父谢世，丝丝大恸。而雍正君临天下，治风勤严，与丝丝南北乖隔，遥相用忍。 李才得丝丝之鼓励，应考取官，一试中的，以状元内封大学士，侍命军机处，深为雍正所重。李卫亦为雍正收买，先后于皇十四子允示题胤祀与川陕总督年羹尧处卧底，雍正元年，胤祀囚景陵，三年，年羹尧遭赐死，李卫得扶摇直晋浙江巡抚。任内，查得石门东海书院有盗窃官粮，私通明遗之嫌，遂迭报军机处，请拿吕家。雍正十年，东海书院满门抄斩，两百馀命葬于乱坟。丝丝李才上京请命未及返回，得存。遭逢巨变，丝丝悲愤无已，誓谋雍正以报血仇。不料三刺未中，反遭雍正所制，二人限期共理朝政，十八个月后维民所止。丝丝遂擢封吕侍读，协助雍正改革赋役，整顿吏治。期限届至，雍正视死如归，丝丝不忍，延期活之。 李才丢官之后，游名山大川，写三朝演义，因书中触露宫禁，问罪被刑。丝丝感其情深义重，狱中委身，生子图报。 大限有期，天地会内外倾逼；雍正十三年八月廿三子夜，胤禛端坐就戮，丝丝苦剑徊肠，十五年恩仇难泯，牡丹亭生死成谜。 弘历即位，改朝乾隆； 二十年，闻说黄山之巅有双神仙侠侣，貌似雍正丝丝，众人登山寻访，却哪见仙踪侠影。正所谓，吴水深万丈，楚山邈千重，雌雄终不隔，神物会当逢。
一桩残忍至极的灭门血案轰动武林，让江湖义士们人人为之震怒，虽然时间匆匆流逝，一晃眼二十年过去，但血案的余波依旧在武林中徐徐搅动，将与之有所牵连之人世一一牵扯其中。 傅红雪（吴岱融 饰）本以为自己是当年惨案遗孤，一直在沈三娘（高妙思 饰）和情人翠浓（谢宁 饰）的帮助下追寻事件幕后的凶手，翠浓甚至为此丢掉了性命，然而，让傅红雪没有想到的是，他的真正身世揭露之时，一切都是竹篮打水一场空。叶开（张兆辉 饰）是小李飞刀的传人，于无意之中发现了自己和血案之间的关联。真凶马空群（秦沛 饰）的行踪渐渐浮出水面，而神秘杀手路小佳（李家声 饰）亦决定同傅红雪一试高下。
