故事发生在三十年代的上海闸北区，有两个势力对立的黑帮组织——“青龙帮"和"黑龙帮”。为了争夺地盘，他们纷纷施展各种奇谋。青龙帮的头目川图巴结军阀以扩大声势，而黑龙帮的头目魂则想挫败川图的气势，于是重金雇佣了曾经的大佬凌锋和他的女儿凌若华（郑裕玲 饰），计划让川出丑。 川图收养了流浪汉欧阳汉（周润发 饰），让他与凌若华纠缠，打乱凌若华的思绪。欧阳汉和凌若华之间展开了一场明争暗斗。他们的斗争引起了巡捕萧六（吕良伟 饰）的注意，萧六对欧阳汉有所偏见，经常找借口为难他们，两人因此产生了对立。川图和萧六同时爱上了歌女韩梦蝶（姚炜 饰），但不幸的是蝶倾心于欧阳汉，川图得知后心生嫉妒。
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莱昂（安东尼·拉帕格利亚 Anthony LaPaglia 饰）人到中年，和妻子索尼娅（凯瑞·阿姆斯特朗 Kerry Armstrong 饰）之间的关系早已经十分疏远，名存实亡。家庭之外，莱昂有着一位交往甚密的情人简（蕾切尔·布雷克 Rachael Blake 饰），在简那里，莱昂能够短暂的找回自信和激情。索尼娅察觉到了丈夫的异样，但是她选择将一切的愤怒和痛苦隐藏在心底。心理治疗师瓦莱丽（芭芭拉·赫希 Barbara Hershey 饰）是索尼娅的树洞，常常开导和安危她，可是，瓦莱丽也必须面对自己内心里的黑洞——她的女儿成为了一场谋杀案中的受害者，她至今无法从失去女儿的悲痛之中走出来。某日，瓦莱丽突然失踪了，莱昂对她的下落展开了调查。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
