武林在经历连番血战平静了三十年后，七十二路烽烟再起，掀起了又一轮征伐。其时有书生方红叶（刘兆铭 饰）撰写系列武林秘记《红叶手札》，专事披露武林秘史。某日，一家书店受托印制红叶手札，不想店长等人却招来杀身之祸，七十二路烽烟之十色旗主田风（黄树棠 饰）部下将杀害店长之凶手截杀。几日后，沈家堡堡主沈青（张国柱 饰）向田风求援，女侠青影子（米雪 饰）随田风等人赶至沈家堡，与先行受邀抵达的方红叶一同会见沈青。昔日兴旺的沈家堡已人去堡空，原来沈青幼年时，沈家受了杀人蝴蝶的诅咒，如今诅咒兑现，杀人蝴蝶潜入沈家堡各处行凶。田风等人出于江湖道义留下探究蝴蝶杀人之根由，却不知陷入了沈家堡与天雷堡的一场隐秘仇怨……
香帅楚留香（狄龙 饰）刺杀八皇爷（井淼 饰）失败，遭到了朝廷的通缉和追杀，无奈之中，楚留香来到了幽灵山庄，找到了那里的当家老鹰（谷峰 饰）。隐匿在幽灵山庄里的，全都是和楚留香一样身陷困境的大侠和高手，...
政治部警官任达华，在追查一宗军火案时，怀疑机场海关货仓主管苗侨伟为案中内鬼，苗被停职调查，后更被杀。苗的妹妹凤及妹夫吕俱为特警队督察，怀疑苗之死与任有关，决定调查。却原来军火案乃苗之上司威龙与黑帮头子高飞合作，为怕苗碍事，将他杀死。现更设计陷害吕一家人。吕之女儿恩恩更无辜惨死。吕、凤誓报此仇，展开一场恶斗。
飞虎队督察Mike（王敏德）被下放到环境复杂的红番区后，成为一群散漫的生番警察的领导，这群人中尤其烂鬼东（黄秋生）最让他头痛，此人曾殉私让其杀了人的黑帮好友Roy（张耀扬）潜逃，初来乍到时，Mike吃尽他带头搞的苦头。Roy的心腹图钉华（谭耀文）借大佬潜逃坐上第一把交椅 ，成为Mike等人眼中的头号敌手。
这是吴镇宇首次执导的影片，导演企图通过片中人物的交流、命运来揭示环境变迁、社会进步给人带来的枷锁，呼吁人们相互之间彼此信任。烂头（吴镇宇 饰）是一名普通的香港警察，他的佩枪编号9413,似乎冥冥中就注定了他的悲剧命运。烂头现在的精神几近崩溃，已经丧失了全部记忆。他唯一的办法就去寻求心理医生的帮助，他一直想逃离自己现在的生活状态——肮脏、迷乱的世界，但是他又似乎永远都无法回到自己过去那个干净明亮的世界……
