第四次忍界大战结束的两年后，此时此刻的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）早已成为盖世英雄一般的人物，无论他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜爱与追捧，他似乎也有其享受这样喧嚣欢闹的氛围。与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈 配音）则始终站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火（浅井清己 配音）遭到不明身份之人劫持，带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火，阻止地球毁灭，鸣人、雏田、小樱（中村千绘 配音）、鹿丸（森久保祥太郎 配音）和佐井奉命前去调查舍人（福山润 配音）的真身。在此过程中，鸣人不小心知晓了雏田的心意……

在万能兵器犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的协助下，潜入奢华无比但凶险非常的赌场“乐园”的少女露恩·芭洛特（林原惠美 配音）经过连番赌局，终于挫败技术高潮的装甲艾许雷，在筹码上百万美金的赌局中获胜，并且成功拿到藏有榭尔（中井和哉 配音）记忆的筹码。可与此同时，鲍伊德（矶部勉 配音）紧追不舍，定要置露恩于死地。随着榭尔的记忆大白天下，一切丑恶到了决断的时刻……
本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中最后一部（前两部分别为“压缩”和“燃烧”）。

莉莉与父亲和母亲，一起去了以青蛙为主题的游乐场游玩，并拔出了耸立在青蛙城堡中心的勇者之剑。据说只要用这把剑打倒大蛇的话，无论甚么的愿望，青蛙国王能帮你实现。以这把剑将大蛇打倒的莉莉，在那世界里她看到了这片土地的主人-青蛙国王。青蛙国王将眼前的卵孵化，如果莉莉无法在卵成为青蛙之前将希望之门打开的话，就会将她变成青蛙。然而，在青蛙之地，突然一个叫做近藤，穿着西装想要成为莉莉的弟弟的男人出现。莉莉因为感到过于不可思议而逃跑，在穿越光之桥的时候，与尾随着莉莉的近藤，随着一阵哀鸣之声，双双掉落到水中… 莉莉与近藤就像真正的姐弟一样，将心比心地融洽相处，有欢笑，有泪水，然后便是惊心动魄的感动动画。莉莉与近藤的去向会是....

　　女子高中生音无小夜（喜多村英梨 配音）有一个幸福的家庭和一群善良的朋友，虽然丧失了一年之前的全部记忆，但这并不妨害她享受眼前的快乐时光。在这个世界中，出现了一种名叫“翼手”的怪物，它们拥有永恒的生命，以鲜血为食，现在，这些怪物的存在逐渐威胁到了人类的安全。表面上来看，小 夜和这些可怕的怪物似乎一辈子都不会有所交集，但在2005年的这一天，当那个漆黑的不详男子出现在小夜的面前时，一切都改变了。男子名叫哈吉（小西克辛 配音），他的到来不仅改变了小夜的命运，也唤起了小夜丢失已久的回忆。
　　为了保护世界和所爱的人，小夜拿起了武器，在哈吉的帮助下开始了同翼手的战斗。

　　2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……
　　本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。