大正九年，身穿浴袍的青年（松田洋治 饰）在一间昏暗封闭的房间内醒来，隔壁不断传来少女的哀号，他失去了记忆，完全想不起自己的姓名和来历。这时，自称九州帝国大学精神科教授的若林镜太郎（室田日出男 饰）走入房间，他向青年讲述了一件很久以前发生在中国的悲惨故事，并认为远古祖先脑中的记忆通过某种方式传给了这名叫做吴一郎的青年。上一任精神科院长正木（桂枝雀 饰）曾对此进行深入研究。

贵族学校圣阿尔特密斯女子学园，华贵骄傲的大小姐们自视甚高。平民女孩市立花（志田友美 饰）想尽办法进入这所梦寐以求的学府，可是身处其间备受歧视，只有外表冷峻的稻泽花（竹富圣花 饰）愿意出手帮她。某天放学后，老师要求学生尽快离校，但是市立花为了取手机返回教室，结果被原本还温文尔雅的青年男老师们抓了起来。当她再度醒来，发现自己和稻泽等同学被关在铁笼内，田筱老师要求女生们用手机参加名为“黄金之卵就职活动“，她们要按规则答题，一旦失误便将遭到无情屠杀。懵懂女孩命悬一线，最终能否逃出生天？

本作的主角是一位来自土星来调查人类生态的外星人。他是尘世家庭真田家的次子秀雄，与代替父母身份的长子梦二、意志坚强的长女园、以及不可靠的三儿子志富美生活在一起。经过 23 年假装家人的生活，秀夫即将离开地球，在生命的最后三天里，他努力完成作为人类未完成的事情。

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！