故事背景设定在太平洋战争中后期，日本海军在中途岛海战中被美海军大败；第一机动舰队4艘航母被击沉；联合舰队司令长官山本五十六大将战死，太平洋上各岛屿的日军守备部队先后覆没，日海军处于严重不利的形势。
昭和19年（公元1944年）的春天，特别少年兵部队的神尾怀着对大和号的憧憬，登上了超弩级战列舰“大和”号的甲板，当时的大和号是日本国民和军人的希望与象征。神尾忍受了舰上严酷的训练，然后迎来了他的第一次实战——莱特湾大海战。在这次海战中，联合舰队事实上已经土崩瓦解。当残酷的战局放在面前，大和号和它的船员们怀着守护国土的决心，起锚迎来它的最后一次悲壮决战。所有的人都很清楚：迎接他们的将是杀气腾腾的美军大批舰载机群.......

日本，幕府时代，流浪中的瞽女（抚琴卖艺的盲人女子）市（绫濑遥饰）在大雪中被人收留，收留她的男子心怀不轨，不想市一剑就将其刺伤。原来市深怀绝世剑法，流浪四方，目的是寻找一名男性盲人剑客。

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！