夏季庆典结束后，打烊了的学生们有一个E班的学生来到他们身边。第二天，在开班仪式上的讲台上竹林突然做出了与E组一起度过的4个多月如同地狱的样子。在知道竹林超过E组加入A组的E组学生试图说服他……。

　　故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。
　　为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。

　　故事发生在洋溢着青春气息的神奈川高中内，祇园健次（千叶翔也配音）是刚刚进入这所学校就读的高一新生，在阴差阳错之下，他结识了名为石清水澄明（安达勇人配音）的男生。石清水澄明虽然拥有高大壮硕的身材，性格却格外的懦弱胆小，刚进学校没多久就遭到了高年级同学的霸凌，健次身材娇小，但脾气却很爆，多亏了有他的帮助，石清水澄明才勉强脱身，健次也因此得到了加入橄榄球社团的契机，成为了一名橄榄球预备队员eee
　　在球队里，健次结识了很多志同道合的伙伴，最为年长德高望重的赤山濯也（细谷佳正配音）、整天笑嘻嘻的好好先生八王子睦（逢坂良太配音）以及拥有丰富的比赛经验，性格十分傲慢的大原野越吾（小野贤章配音）。

经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙……                                    
                               　　本片根据松井优征的超人气漫画改编。

电影讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师，担任全校最不被看好的班级3年E班的导师，与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物，却为学生竭尽心力、赴汤蹈火。使得本来弥漫诡异氛围的课堂，却成为3年E班终生难忘的回忆。而3年E班的同学们与杀老师以羁绊和真挚互动所守护的约定，也陪伴着他们到了7年后的未来。                        

一个陌生又充满乐趣冒险的暗杀组。杀手们回来了，但是这次他们有魔法了？！在这个全新的系列中，3年E班的孩子们在魔法学校学习剑术和魔法。他们的任务是什么？打败邪恶的恶魔之王老师和危险的魔法学校的考试！