接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤，如果出動機龍，摩斯拉就會變成人類的敵人。於是信一設法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐，希望能中止機龍的計劃。但就在此時，太平洋又出現哥吉拉的影蹤…
故事叙述在遥远的时空，太空船“威卡诺伊号”在航行途中遭遇变故而坠毁在“艾斯多利亚双子星”上，威卡诺伊号太空船的电脑中枢与艾斯多利亚星的神秘能量结合，成为全新生命体“AXIS”并进一步使整个艾斯多利亚星产生异变，让该星球的植物异常生长而导致生态体系异变，而植物的“树液”成为维持所有生命能量的重要来源。 600年中，艾斯多利亚星异型生物把新人种[人类]视为奴隶，为其采集能源，并以上帝的身份施加暴行。盖娜是一个爱冒险的小姑娘，她屡屡发现古代遗留下来的线索，欲揭开真相。在威卡诺伊号唯一幸存者的帮助下，盖娜找到的残存的电脑中枢AXIS，并击败了异型统治者，释放了AXIS的能量，开启了一道通往新世界的桥梁。族人终于从奴役中被解救！
